《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。

　　因经历过核冬天，在这里人类不再是世界的主宰，物种变异、生存资源稀缺，面对无法预测的未来和环境，危机迭出。人类为了保护自己建造了一座座壁垒，但也有很多人没有进入壁垒生活，在荒野打猎为生。主人公任小粟和弟弟颜六元就是其中…

　　娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……

高维在一次飞机事故中穿越，以塞西尔家族先祖的身份出现在洛伦大陆。面对着没落的家族，他重新开拓领地，面对阶级的隔阂，他发挥人民群众集智。可疯狂且固执的邪教徒、潜在的魔潮危机仍在，高维该如何面对这即将迎来纪元终结的世界…

　　兵王王胜穿越千绝地后，来到以“内城不能动手，外城不能杀人”为铁则的无忧城中。通过发展卤肉生意，成功走上逆袭。好景不长，他隐姓埋名，最终还是暴露了身份。而他“元魂晋级”的秘密被五大家觊觎，一场王胜与五大家以无忧城为棋盘…