《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。

　　传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报…

　　安史之乱爆发后数年，吐蕃大军攻打西南。大唐节度使高适交战不利，长安岌岌可危。困守孤城的高适向监军太监回忆起自己与李白的一生往事。

　　昆仑之虚，掩于山海之中，滋养了无数生灵。这里的昆仑医馆医术精湛，但却有一种病千百年来无药可医——黑灵。医师白泽致力对抗黑灵，却自以为是毁了整个大岛，被逐出医馆。　　七年后，白泽的医术突飞猛进却受人白眼无法行医，想借医…

　　故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上，地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死，基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻，守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上，三…

　　身体羸弱但极富正义感的少年在国术大师唐紫尘的引领下，走上传统武术的道路，一路开挂，超越自我。他体验武术人以武止戈、以德服人的精神，也将传统武术发扬光大，弘扬正气。