大神一郎远赴法国担任巴黎华击团的队长之后，帝都花组迎来了新团员——前星组队长拉奇特(ラチェット·アルタイル）。拉奇特的个人主义作风与花组重视合作的做法形成强烈对比，双方摩擦不断。剧情的主线在于军方试图...

　　为了想看鲸鱼的结衣，桐人等人一起挑战 ALO 世界的水中任务，但却发现莉法不会游泳的惊愕事实，于是亚丝娜、西莉卡、莉兹贝特等人决定在现实世界的室内游泳池为她做特训…...，而桐人要与某人见面。

　　桐人、尤吉欧、爱丽丝。距离两名修剑士和一名整合骑士打败了最高祭司阿多米尼斯多雷特已过去了半年。　　结束了战斗，爱丽丝在故乡卢利特村生活。在她的身旁，是失去了挚友，自己也失去了手臂和心的桐人。　　献身般支撑着他的爱丽丝…

　　炎炎夏日来到，春日恭介（古谷徹 配音）和鲇川圆（鶴ひろみ 配音）却迎来人生中最重要的时刻。大学入学考试在即，他们为了心中理想的学校各自努力。与此同时，春日和鲇川心中的默契与日俱增，只是谁也不知道明天将会如何。另一方面，…

　　怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托…

　　昭和20年，太平洋战争刚刚落下帷幕。经历了惨烈战火的日本山河寥落，百废待兴。生活在最低层的人们凭借一双勤劳的双手艰难求生。废墟上的东京，小商贩们渐渐云集，靠着他们物美价廉的美食为贫穷的手工业者提供果腹之餐，而立食师的神…

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。